1、控制对比：氨系统需要设置专人看守操作，无法实现自动化运行，而氟系统可实现远程自动控制，使得机组的运行更加安全可靠，不仅如此氟系统可节省近一半的电量，运行更加精确，从而提高了产品的质量，降低了使用成本，确保了安全性。
2、安全对比：氨属于有毒液体，对人体会产生强烈的刺激，当空气中的氨达到0.6%时就会导致人体中毒，当浓度达到14%就可以引起燃烧，当达到25%时就会引起爆炸，威胁到人们的生命财产安全；而氟利昂系统采用环保R22与R404A制冷剂，具有无色、无味、不可燃烧，不会爆炸的化学性质，可应用于各种场所当中，安全稳定，杜绝了事故的发生，有效的保证了员工与周围民众的生命安全。
3、运行对比：由于氨系统相对落后，其制冷时耗电量较大，使用时间较短，容易发生故障，并且辅助设备较多，机组复杂，若一个系统发生故障就会影响整个机组的运行效果，降低制冷的效率；而氟机的系统相对严谨，运行效率较高，从根本上降低了耗电量，不易发生故障，保证了运行的稳定。
4、精密空调节能对比：氨系统多采用的是单机头压缩机，部分负荷的能效比要低于满负荷时的能效比，尤其是当负荷下降到70%以后，能效比下降更为严重，由于氨不溶于润滑油当中，导致管道和蒸发器的表面形成油层，使得系统的换热效果下降；氟利昂系统利用PLC控制，精确度高，效率显著，另一点，氟利昂可溶于润滑油，所以对传热效果的形象较小，比氨系统可节省一半的电量，节能效果显著。
5、土建投资对比：氨机组结构较大，占地面积大，除了机组外，还需要安装高压储液罐和循环桶等辅机，总占地面积为氟系统的5倍，而氟利昂机组结构紧凑，占地面积小，所以对安装环境的要求也相对较低，适用范围更广。
6、投资对比：氨系统为单机运行，为了避免发生故障影响使用所以需要装备辅机，并且机组用电量较大，所以使用费用相对较高，氟利昂可实现自动控制，虽然前期投资量相对较大，但无需设备拥挤，耗电量低，使用寿命长，综合来看经济显著。
以上来看精密空调氟系统与氨系统相比无论是从哪个方面来看，优势更加明显，未来，氟系统将逐步占领冷藏市场，将是行业发展的主流。